بخش تعاونی، علیرغم مزیت‌ها و قابلیت‌های فراوان و علیرغم تأکید قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، هنوز در جایگاه مورد انتظار ظاهر نشده است. برخی از مشکلات و محدودیتهای اساسی آن که رفع نگردیده عبارتند از:

1. توسعه نیافتگی فرهنگ تعاون در جامعه و عدم شناخت توانمندیها و مزایای بخش تعاونی
2. کارفرمایی مطلق دولت در اقتصاد
3. وجود انحصارات پیدا و ناپیدا در بخش‌های دولتی و خصوصی

4.               عدم وجود سر فصل معین برای توسعه بخش تعاونی در برنامه‌های میان مدت و بودجه‌های سنواتی

5.       محدودیت قانونی عرصه فعالیت تعاونیها و منع ورود به بخش خدمات بویژه بانکداری و بیمه

6. تعدد قوانین حاکم بر انواع تعاونیها و نارسایی آنها؛ که مانع ارتباط قوی بین آنها شده است.
7. یکپارچه و منسجم نبودن تعاونی‌ها در ایران و عدم امکان شکل گیری یک اتحادیه ملی قدرتمند

8.               تعدد مراکز سیاستگذاری و تصمیم‌گیری برای تعاونیها و محدود بودن امکانات و اختیارات وزارت تعاون

9.    عدم دسترسی سهل تعاونیها به منابع مالی و فیزیکی، امکانات، اطلاعات و بازارها؛ کافی نبودن و نارسایی در سیاستهای حمایتی دولت در اعطای منابع و امکانات عمومی به تعاونیها

10. محدودیت‌های قانونی برای جذب سرمایه‌ بیشتر در تعاونیها
11. پایین بودن سطح مهارتها و مدیریتها در کشور
12. پایین بودن سطح توجه به تحقیق و توسعه در فعالیت‌های اقتصادی کشور
13. ضعف کشور در تعامل با اقتصاد جهانی